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Dans les années 1960, la situation n’est pas vraiment plus satisfaisante : le premier Inspecteur général de l’administration pénitentiaire, le docteur Georges Fully, soulignera le manque de moyens, tant en personnel qu’en matériel (le médecin devait apporter son propre matériel…). Le 19 décembre 1972, avec d’autres médecins, il remet au Garde des sceaux une motion rappelant l’indépendance professionnelle des médecins de prison et leur volonté de respecter la déontologie. En effet, le « médecin pénitentiaire est confronté à une exigence morale d’assistance à des problèmes humains et sociaux spécifiques aux détenus », en plus de devoir soigner et faire de la prévention. En réalité, il s’agissait là d’un rôle nouveau pour lequel les médecins des prisons demandaient reconnaissance et encouragements.

Signalons que, quelques années plus tard, dans le Code de déontologie médicale établi par le décret 79-506 du 28 juin 1979, l’article 8 consacre l’idée qu’un « médecin sollicité ou requis pour examiner une personne privée de liberté ou pour lui donner des soins ne peut […] favoriser ou cautionner une atteinte à l’intégrité physique ou mentale de cette personne ou à sa dignité ». A noter que cet article faisait aussi obligation à ce médecin, sous réserve de l’accord du détenu, d’informer l’autorité judiciaire en cas de sévices ou mauvais traitements.

Dans l’élan, la nouvelle Inspectrice générale de l’administration pénitentiaire, Solange Troisier, initie le Serment d’Athènes du 10 septembre 1979, qui énonce notamment que les médecins des prisons s’engagent à « procurer les meilleurs soins de santé à ceux qui sont incarcérés, quelle qu’en soit la raison ».
Ensuite, trois textes interviennent :

• Le premier, le décret 84-77 du 30 janvier 1984 modifiant certaines dispositions du Code de procédure pénale, confie à l’Inspection générale des affaires sociales (IGAS) le contrôle sanitaire en milieu carcéral. Ainsi, pour la première fois, des personnes indépendantes de l’administration pénitentiaire sont chargées du contrôle de l’hygiène et de l’organisation générale des soins en milieu carcéral.

• Le deuxième est la loi 85-772 du 25 juillet 1985 qui crée le secteur psychiatrique pénitentiaire et donne une autonomie institutionnelle à ce pôle psychiatrique, qui sera alors rattaché aux hôpitaux publics.

• Le troisième texte est un arrêté du 14 décembre 1986 qui crée le Service médico-psychologique régional (SMPR).

Enfin, en 1989, des conventions sont mises en place entre les établissements pénitentiaires et des Centres d’information et de soin de l’immunodéficience humaine (CISIH) pour réagir au développement du Sida.
Cependant, si le secteur psychiatrique échappe à l’administration pénitentiaire pour échouer aux hôpitaux publics, le secteur somatique reste quant à lui sous le contrôle de l’Administration pénitentiaire.